Mieszkańcy Bożkowa nie odczuli bezpośrednio skutków wojny aż do późnego jej etapu. Nikt nie znał w tym czasie ustaleń konferencji w Teheranie (28.11 – 01.12.1943) ani w Jałcie (04–11.02.1945). Jedyne źródło informacji o działaniach wojennych napływało wraz z ludnością uciekającą z północnej i wschodniej części Prus. Jesienią 1944 r. napływ ludności niemieckiej do Bożkowa zaczął się nasilać, zwłaszcza z Górnego Śląska, Rumunii i Węgier. Była to głównie ludność wiejska, która wraz z dorobkiem swojego życia przywiozła konie, woły oraz bydło. W tym czasie ciężko było dostać mięso, nawet w posiadłości von Magnisów. Podróż tych ludzi trwała już od 6 tygodni. Później wolno było odbywać podróż pociągiem tylko do odległości 100 km. Zezwolenie na dłuższą podróż można było otrzymać raz w roku, po wbiciu do karty odzieżowej stosownej pieczątki.

 4 sierpnia tego samego roku powołano do Wehrmachtu młodzież z roczników 1928 i 1929 (miała ona wówczas 15, 16 lat). Nie została ona wysłana na front, ale do pracy przy „Ostwall” (Linii Odry / Pozycji Odrzańskiej – rejonie umocnień). W pracach tych brali udział także robotnicy przymusowi.

 Począwszy od 12 stycznia 1945 roku, do Bożkowa przybywają uchodźcy znad Wisły. Aby pomieścić nowych mieszkańców, zamknięto nawet szkołę, ponieważ nie było już miejsca w domach. W pałacu hrabina von Magnis przyjęła sieroty i ulokowała je w części północno-zachodniej. Lód i śnieg zalegające na drogach w górskim terenie Bożkowa i okolic sprawiły przybywającym rodzinom niemieckim i ich saniom bez hamulców ogromne problemy.

 20 stycznia zarządzono ewakuację ludności śląskiej z terenów położonych blisko Wrocławia. Tego dnia rozpoczął się wymarsz ok. 700 000 ludzi ze stolicy Dolnego Śląska. Pociągi, ciężarówki i autobusy nie wystarczyły, by ewakuować kobiety, dzieci i chorych z Wrocławia w czasie fali mrozów (ok. -20 stopni Celsjusza). Ścisk w nieregularnie kursujących pociągach był tak duży, że mogli nimi podróżować wyłącznie uciekinierzy. Nigdy nie ustalono, ile kobiet i dzieci zmarło w wyniku chłodu i męki w pociągach.

 Od 22 stycznia połączenia pocztowe zostały zawieszone i pasażerowie byli zdani wyłącznie na „Sowę” (kolej sowiogórską).

 2 lutego przez Kotlinę Kłodzką przeszły długie szeregi amerykańskich, angielskich, francuskich i innych narodowości jeńców wojennych. Pochodzili oni z obozów na Śląsku. Szli w kierunku Braunau (Broumova). Ich dzienna racja żywnościowa wynosiła zaledwie dwa ziemniaki. Oprócz nielicznych wyjątków byli oni dobrze ubrani. Zupełnie inaczej wyglądało to w przypadku radzieckich i polskich jeńców oraz przepędzanych wraz z nimi więźniów obozów koncentracyjnych. Oni musieli pokonywać długie trasy w drewniakach. W wielu przypadkach ich nogi były owinięte jedynie szmatami i papierem. 1 kwietnia, w Niedzielę Wielkanocną, spadły na Bożków pierwsze radzieckie ulotki.

 Na początku maja z Kotliny Kłodzkiej wycofuje się VIII Korpus wojsk niemieckich, uciekając wszystkimi możliwymi drogami na południe (najchętniej drogami polnymi). Tylko kolumny zmotoryzowane wycofywały się głównymi szosami, przez co były jednak narażone na naloty lotnictwa.

 Wraz z uchodźcami z Wrocławia do Bożkowa na początku maja przybyli żołnierze Wehrmachtu. Było to 5 i 6 maja. Jednostka ta została ugoszczona w domach należących do administracji pałacu. Żołnierze chcieli przyczaic się na wojska radzieckie, tworząc tutaj ariergardę, na co mieli nawet pozwolenie zarządu pałacu, jednak burmistrz Paul Jaschke nie wyraził na to zgody. Na stadionie blisko kościoła odbyła się zbiórka mieszkańców. Podczas zbiórki żołnierze zaproponowali eskortę rodzinom, które chciałyby opuścić Bożków przed przybyciem wojsk radzieckich. Tylko nieliczna grupa mieszkańców zdecydowała się opuścić miejscowość. W tym samym czasie pojazdy, w których zabrakło już paliwa, wysadzono w powietrze. Część wojskowych zdezerterowała i uciekła przez Szczeliniec Wielki do Czech. Amunicję i broń złożono w kamieniołomie na górze Steinberg przy granicy z Gorzuchowem. Natomiast lekką broń i mundury zatopiono w stawach Ziegelschlamm i Fasanerie blisko ogrodu warzywnego w Bożkowie.

 8 maja 1945 r. po wiosce rozeszła się wiadomość o zawieszeniu broni i gdy front bojowy 59. Armii Radzieckiej zbliżył się do Nowej Rudy, zaprzestano walki. Stało się to w momencie, gdy zaledwie kilka kilometrów na północny wschód od miasta ustawiono już niemieckie baterie armat.